5 commissions thématiques de travail ont été créées avec une représentation des 4 collèges dans chacune d'elles.
La conférence régionale du sport de Bourgogne-Franche-Comté a élu des présidents et présidentes pour chacune des 5 commissions.
Le président ou les co-présidents de chaque commission ont pour rôle :
- de réunir régulièrement les membres de leur commission en étroite corrélation avec les réunions plénières
- d'organiser des débats de qualité
- d'assurer la diffusion des comptes rendus des réunions
- de rapporter une proposition collégiale pour le plan d'actions du projet sportif territorial
- de rendre compte des travaux une fois par an en réunion plénière de la CRdS.
Le vote au sein des commissions se fait à la majorité simple des membres présents.

Les commissions en détails